$T-DNA$可能随机插入植物基因组内，导致被插入基因发生突变。用此方法诱导拟南芥产生突变体的过程如下：种植野生型拟南芥，待植物形成花蕾时，将地上部分浸入农杆菌（其中的$T-DNA$上带有抗除草剂基因）悬浮液中以实现转化。在适宜条件下培养，收获种子（称为$T_1$代）。
（1）为促进植株侧枝发育以形成更多的花蕾，需要去除，因为后者产生的会抑制侧芽的生长。
（2） 为筛选出已转化的个体，需将$T_1$代播种在含的培养基上生长，成熟后自交，收获种子（称为$T$代）。
（3） 为筛选出具有抗盐性状的突变体，需将$T$代播种在含的培养基上，获得所需个体。
（4）经过多代种植获得能稳定遗传的抗盐突变体。为确定抗盐性状是否由单基因突变引起，需将该突变体与植株进行杂交，再自交代后统计性状分离比。
（5）若上述$T-DNA$的插入造成了基因功能丧失，
从该突变体的表现型可以推测野生型基因的存在导致植物的抗盐性      。
（6）根据$T-DNA$的已知序列，利用$PCR$技术可以扩增出被插入的基因片段。其过程是：提取植株的$DNA$，用限制酶处理后，再用将获得的$DNA$片段连接成环（如右图）以此为模板，从图中$A、B、C、D$四种单链$DNA$片断中选取作为引物进行扩增，得到的片断将用于获取该基因的全序列信息。

图表 1环状$DNA$示意图
A、B、C、D表示能与相应$T－DNA$链互补、长度相等的单链$DNA$片段；箭头指示$DNA$合成方向。