阅读下列材料，回答问题。
材料一 自朱熹评注的儒家经典成为文职人员考试的根据以后，理学成为直到19世纪末叶以前帝国官方的正统观念，其结果是为不断增长的社会僵化提供了其所以存在的一个学术性理由。虽然这一理由从根本上有助于独特而历史久远的中国文明的延续，但其代价却是形成了压制外界所有独创性和新观念、显得荒谬可笑的因循守旧。
——斯塔夫里阿诺斯《全球通史》
（1）依据材料一并结合所学知识，概括朱熹的思想对中国古代社会的的影响。并分析“理学成为19世纪末叶以前帝国官方的正统观念”的原因。
材料二 李贽的悲观不仅属于个人，也属于他所生活的时代。传统的政治已经凝固，类似西欧宗教改革或者文艺复兴的新生命无法在这样的环境中孕育。社会环境把个人理智上的自由压缩在极小的限度之内，……只能长为灌木，不能形成丛林．
——黄仁宇《万历十五年》
（2）据材料二和所学知识，指出李贽的思想跟文艺复兴在“个人理智上的自由”方面有何相似之处?二者在促进社会制度进步方面起的作用有何不同?
（3）据材料二和所学知识．说明为什么明清时期“个人理智上的自由……只能长为灌木，不能形成丛林”?